Per permettere all'esercito di rafforzare le proprie posizioni, attendere un calo dell'interesse internazionale, alimentare i dissidi all'interno delle stesse comunità e soprattutto per organizzare le strutture che minano le basi d'appoggio dell'EZLN, il governo messicano deve prendere tempo e quindi accetta di partecipare ai dialoghi per la pace nella cittadina di San Andrés.
Lo stesso Presidente della Repubblica Ernesto Zedillo, nel momento in cui deve avallare quanto già firmato dalla rappresentanza governativa (COCOPA) su "Diritti e Cultura Indigena", decide di presentare una controproposta inaccettabile da parte dell'EZLN e con l'unico obiettivo di far fallire i negoziati di pace.

Dopo la rottura dei dialoghi avvenuta nel settembre del 96, trascorre circa un anno in cui gli unici passi avanti sono fatti dalla guerra "sucia" (sporca), definita di bassa intensità. Una guerra non dichiarata ma presente, fatta di occupazioni, di sgomberi, di minacce, di violenze e di uccisioni. Intanto, nella regione, continua a crescere il numero di soldati e di mezzi dell'esercito messicano e si moltiplicano i gruppi paramilitari fortemente armati e finanziati dal governo.

Una volta addestrati, questi gruppi paramilitari minacciano e terrorizzano le comunità filozapatiste facendo fuggire gli abitanti dai villaggi.

Il 4 novembre 1997 il Vescovo Samuel Ruiz subisce un attentato da parte del gruppo paramilitare "Pace e Giustizia", risultato: tre feriti.

Nel frattempo la situazione in Chenalhó è sempre più grave, ed il 22 dicembre sfocia nell'orrendo massacro di Acteal.

Dopo l'indignazione e le varie manifestazioni nazionali ed internazionali in cui persino gli Stati Uniti chiedono spiegazione e chiarimenti, il presidente Zedillo, dopo aver dichiarato che i fatti di Acteal sono un problema "locale" tra indigeni, si sente autorizzato ad emettere una legge di "despistolizacion" (disarmo) per cercare e sequestrare tutte le armi nelle zone di conflitto.

Ed ecco che, con questa bella scusa, l'esercito si sente autorizzato ad entrare nelle comunità zapatiste per cercare le armi, nonostante l'accordo del Marzo 95 in cui si prevedeva che l'EZLN non si sarebbe disarmato.

A questo punto l'esercito cerca lo scontro diretto, attraverso tutte le provocazioni possibili, con l'EZLN in modo da giustificare un attacco massiccio e definitivo.

Dai primi messaggi ricevuti via E-mail la sera del 3 gennaio sembra che alcune comunità siano state occupate dall'esercito.

In realtà qualcuna è circondata, qualcuna è occupata per alcune ore, qualcuna è praticamente saccheggiata e qualcuna è riuscita ad evitare il peggio frapponendosi tra le case e l'esercito. In alcune comunità gli osservatori internazionali fuggono insieme alla popolazione; in altre rischiano di essere arrestati dall'esercito.

Per ora gli zapatisti riescono a sfuggire alla trappola ardita dal governo abbandonando le comunità e cercando rifugio nella selva, nel tentativo di evitare lo scontro.

L'EZLN in un suo comunicato ha però avvisato che il pericolo di uno scontro tra esercito e zapatisti è sempre più reale.

Nel frattempo, tutte le organizzazioni della società civile nazionale ed internazionale si mettono in movimento per fare pressioni sui rispettivi governi nel tentativo di evitare una nuova guerra, per chiedere la smilitarizzazione del Chiapas e per chiedere il rispetto degli accordi di San Andrés già sottoscritti dai rappresentanti del governo messicano.

Il giorno 12 gennaio, gli occhi delle telecamere mostrano come le provocazioni fatte dai paramilitari e dall'esercito non sono da meno di quelle della polizia che uccide una donna durante una manifestazione ad Ocosingo.