La perdita della copertura vegetale negli ecosistemi nativi, la degradazione delle principali zone costiere del paese e la deforestazione delle selve tropicali, così come la "crisi" nella generazione di risorse idriche in diversi stati del centro e nord del Messico sono i principali problemi ambientali che colpiscono l'equilibrio ecologico e la biodiversità del territorio nazionale. L’ha spiegato Exequiel Ezcurra, presidente dell'Istituto Nazionale di Ecologia (INE), che ha aggiunto di continuando con l'applicazione di politiche e programmi ambientali a breve termine non risolveremo "mai i problemi più urgenti e trasformeremo le politiche pubbliche in un nemico mortale della natura".

L'investigatore ha aggiunto che anche i "focolai rossi" in materia ambientale comprendono lo smaltimento dei rifiuti urbani, tossici e pericolosi "che hanno trasformato le città in centri di inquinamento dato che sono praticamente sature dei propri rifiuti, senza contare su un sistema adeguato di riciclo delle enormi quantità di spazzatura generati dai principali insediamenti urbani del paese".

L'inquinamento dell'acqua è un altro dei fattori ambientali a maggior rischio, perché "porta a conseguenze molto gravi che appena ora cominciamo a scorgere, poiché il supersfruttamento delle falde acquifere genererà nei prossimi decenni a gravi conflitti ecologici per l'insufficienza delle risorse idriche".

Un bilancio presentato dal Programma delle Nazioni Unite per l'Ecosistema (PNUMA), sulle prospettive ambientali dell'America Latina e dei Caraibi, denuncia che la deforestazione delle selve tropicali nella regione segue in "modo accelerato", perché si stima che ogni anno si perde un 1% della copertura boscosa di questo ecosistema, visto che solamente in America Latina dal 1990 al 2000 si è perso il 4,5% della dimensione dei boschi, cioè 46,7 milioni di ettari, dei quali almeno 6,3 milioni corrispondono a parchi messicani.

Le zone costiere e gli ecosistemi marini, hanno come principali fattori di inquinamento gli insediamenti urbani, le installazioni industriali e la costruzione di centrali elettriche in aree portuali, a cui si sommano le attività agricole e turistiche, così come l'estrazione, il processamento ed il trasporto di petrolio e gas, dato che si stima che il 29% dei litorali si trova sotto una minaccia ambientale da media ad alta.

Exequiel Ezcurra nota che sebbene in Messico esistano ancora ecosistemi "ben conservati", corrono il rischio di essere oggetto di progetti di sviluppo, del disboscamento clandestino e di uno sfruttamento non sostenibile delle sue risorse naturali, per cui considera "urgente" che il Messico abbia un quadro legale all’altezza delle sfide e delle responsabilità di proteggere e preservare "una parte considerevole della biodiversità, per garantire la sostenibilità degli ecosistemi e, con ciò, la vita umana".

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